Образованная в 1999 году как Государственное унитарное предприятие компания "Кузбассфарма», с момента создания предназначалась для выполнения социальных функций. Первоначально её деятельность  была ориентирована на обеспечение льготных категорий населения лекарственными средствами, закупаемыми на бюджетные деньги, а также поставку наркотических препаратов. ГУП «Кузбассфарма» имело в своем составе сеть розничных точек отпуска, содержащих, в обязательном порядке, отделы для работы с льготными категориями граждан. Директором ГУП "Кузбассфарма" был  назначен Андрей Геннадьевич Верхотуров.
 
В ноябре 2002 года генеральным директором ГУП «Кузбассфарма» назначен Евгений Викторович Косяненко. Предприятие развивает новые направления деятельности, более активно взаимодействует с лечебно-профилактическими учреждениями Кемеровской области, занимается поставками медицинского оборудования.
 
Начиная с 2005 года «Кузбассфарма» в статусе регионального аптечного склада является постоянным участником программы «Льготное обеспечение отдельных категорий граждан за счет средств федерального финансирования». Взаимодействуя с уполномоченной фармацевтической организацией ЗАО «РОСТА» занимается поставками лекарственных средств в более чем 80 точек отпуска, расположенных на всей территории Кемеровской области. Кроме выполнения логистических функций (прием, хранение, доставка лекарственных средств) «Кузбассфарма» является также информационным оператором программы «Льготное обеспечение отдельных категорий граждан за счет средств федерального финансирования».
 
В январе 2007 года государственное предприятие «Кузбассфарма» преобразовано в Открытое акционерное общество «Кузбассфарма», генеральным директором назначен Воронов Алексей Владимирович. Наряду с выполнением федеральных и областных льготных программ компания активно занимается централизованными поставками лекарственных средств по заявкам лечебно-профилактических учреждений, реализацией национального проекта «Здоровье», выполнением программы «Здоровье кузбассовцев», оптовой поставкой медикаментов и средств медицинского назначения в аптечные организации, а также предоставляет услуги профессиональной дезинфекции.
 
В августе 2009 года решением собрания акционеров ОАО «Кузбассфарма» генеральным директором назначена Михеенко Елена Юрьевна.
 

В 2009 году компания «Кузбассфарма» отметила свою 10 годовщину со дня организации. Несмотря на участие в различных программах, в том числе и коммерческого плана, «Кузбассфарма» по-прежнему единственная в регионе оптовая фармацевтическая компания социального формата.